同其他種類的淀粉加工一樣，機械化小麥淀粉生產設備作業時排出的廢水也是一個比較難處理的問題。其原因主要是因為其廢水排放量大，廢水處理的設施投資及運行費用都比較大。小麥淀粉加工排放出的廢水中的固形物主要是麩質和微量淀 粉；可溶物有水溶蛋白和可溶糖類等；還有少量脂質。如果生產過程中用淀粉增白劑，那么水中還會有少量的增白劑殘留物。

    傳統的水處理方法，一般用沉淀、生物過濾等（好氧法、厭氧法）水處理設施來進 行。這些設施占地面積大，投資昂貴，效果不很理想。有人提出：小麥淀粉廠建在城市污水處理站附近，排出的廢水直接引入污水處理站與城市其他廢水集中處 理。因為淀粉廠排放的廢水中富含BOD物質，其他工業廢水則富含COD物質，一起處理可以提高整個城市的廢水處理效率。反過來說，小麥淀粉廠也可以因此節 約一部分廢水處理的固定資產投資。大型廠投資在200萬元以上。有的小麥淀粉生產工藝，其生產過程用水可以部分循環使用，廢水排放少，這對節約用水和減少 水處理費用有利。但它會使生產過程水中的可溶物濃度逐步升高，對淀粉的白度會造成不良影響。但比較浪費水，污水量也大。

（四達機械化小麥淀粉設備）